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明朝初期，朱元璋把国都定在金陵，加上他四儿子朱棣发动4年之久的“靖难之役”，通惠河失于修治而淤浅废运了。朱棣又把都城定在北京，通惠河日益重要起来。整治后用几年又淤塞了，再治再淤，时断时通，始终没有彻底修治。到了嘉靖六年（1527），有个巡仓御史叫吴仲的，以国家和运夫利益出发，为省钱多运，力排众议，建议朝廷重修通惠河，可大多数官员坚决反对。那个嘉靖皇上首鼠两端，听两方都在理而犹豫不决。几个月过去了，还没个结论。雨季里有一天，北京上空乌云滚滚，电闪雷鸣，突然一个炸雷把天安门上一个吻兽击碎。吴仲等一些官员立即给皇帝上书，说通惠河不重修，劳民伤财，天怒人怨。嘉靖帝一害怕，立即命吴仲抓紧重修。

吴仲接到命令，立刻着手重修事宜，他和多名官员对元代通惠河进行全面深入踏察，但不知如何重修更好。就来到通州走访。访了多时，还是没个着落，正在束手无策之际，老百姓举荐通州城里一位叫孟钺的老人，此人武举出身，老练世故，凡当时事及漕河利弊皆深有研究。吴仲问及治理通惠河关键，老人当即回答：“积水搬运，始可以行。”意思是只要积高水位，搬运粮袋过闸，才能行运。老人解释说：“通州至北京四十余里，地势陡峻，水难停蓄，非累闸（非要建造多道水闸）积水，递转搬运（从下游向上游一闸接一闸扛粮过闸转运）不可行也。”三位官员恍然大悟，兴高采烈，称赞说：“灼见在草莽（明白透彻的见解在于老百姓之中），真识在土著（真正的知识在于当地群众里面），良谋出老练（良好的谋略出在丰富的经验），断可从矣（尽可以听从啊）。”按照通州孟铖老人的指数，科学地把永通桥(八里桥)西至张家湾的元代通惠河下游河道废弃不用，顺着金代闸河故道继续往东疏浚，到通州北门外迤东入大运河，并在北京东便门至通州北门外之间的通惠河上建有5道水闸，又在运河北端的通州城下修建了石坝、土坝两座漕运码头，这就是历史上有名的“五闸二坝”，如此，京通间漕运大道——通惠河又别称大通河了。

在重修通惠河竣工后，孟铖老人找到吴仲说：“这次京通之间水运成功，省陆费脚价二十万”，这是国家利益，可朝廷怎样对待押运漕粮的官兵呢？漕运官兵计有10万，不如拿出馈赠给他们，以达到“上下两便”。吴仲听后便上奏朝廷采纳了孟老的建议。从此，漕运利益使军务与国政两便。这和永乐年间工部尚书宋礼，在山东修治大运河时，听从当地治水专家白英老人意见，是一样的明智，一样的伟大。通惠河重修后，对北京、通州的建设、发展和繁荣起到了很大作用。京通官民对吴仲十分敬仰，就在通惠河口附近北岸，捐资为他修建了一座生祠，称通惠祠，俗称吴仲祠、吴公祠。

  吴仲此次重修通惠河颇为彻底，“河闸法”一直连续使用到清光绪二十七年（1901年）北运河停漕之时。他在修河同时，还对两岸加以绿化美化，使整条河道形成优美景观。特别是通惠河在通州内外的一段风光更美，明代就成为“通州八景”之一——波分凤沼”的美景了。“波”指通惠河水；“分”指分流；“凤沼”指皇城中什刹海、北海、中南海等。听专家说，此河在今永顺镇筛子庄附近南岸分出一河汊，即后来的玉带河；又在今新华街道天桥湾处分出一河汊，至今体委训练场东南角外入通州城，走新华大街一线，出东水关入东护城河；在天桥湾北便民桥东月河（现在河道）口处康熙间建有响闸，而主河道沿到西海子公园内葫芦头处，有石坝分码头，北岸有滚水石坝。通惠河就这样分为三汊东流，而在分汊处水面宽阔，睡莲与水藻蔽水，蒲苇荡漾，鱼翔浅底，鸟鸣绿岸，主河道上剥船长队逶迤，岸边田园茅舍，景象非凡。