明代开始，学者开始摆脱“天命迷信”的观点来理解童谣，很少再附会它意，承认童谣是自儿童的生活产生，而后有一定的传播广度且代代相传，由此遗失作者和出处。明代吕坤编的《演小儿语》（数据库：中华经典古籍库）是我国第一部儿歌集，包括山西、河南、山东、陕西等地流传的儿歌46首。嘉靖戊午（1558）编者父亲吕得胜在该书的《序》中说：“儿之有知而能言也，皆有歌谣以遂其乐。群相习，代相传，不知作者所自”。到清代，儿歌的收集和研究有了新的发展，对儿歌的思想和艺术的价值的认识也进了一步。

北京童谣的鼎盛时期正是在明清时期。其中，宣武区是北京建城建都的肇始之地，明清以后产生的宣南文化成为北京文化的重要组成部分，北京童谣就是以口头文字形式体现的老北京文化的重要部分。这个时期，北京地区出现了许多关于知识教育的童谣，有发音练习、识别物体、辨识数目、行为规范、农事知识等。内容有简单有复杂，反映出儿童年龄不同的要求。

帮助儿童认识物体的北京童谣，主要描述儿童日常所见的事物，语言生动活泼、饶有童趣，例如这首说牛的北京童谣：“高高山上一个牛，尾巴长在屁股后，四个蹄子分八瓣，脑袋长在脖子上。（《旧京歌谣》）”用简单的话语描述牛的肢体形状，带有儿童的童真色彩。

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北京童谣还被用作教育儿童遵循一定的行为规范，同样也是以儿童日常所见、所做事情来举例，避免空洞说理。如：“小五儿，小六儿，一块冰糖，一包豆儿。小五儿，爱上高，一爬爬到柳树梢；柳树梢儿软，摔得小五儿翻了眼。小六儿真淘气，戴上胡子唱出戏；唱完了戏，喝热汤，汤不凉，烫得小六儿叫亲娘。（《PEKINESE RHYMES : FIRST COLLECTED AND EDITED WITH NOTES AND TRANSLATION BY BARON GUIDO VITALE (1920)》）”用夸张和滑稽的表达方法，告诫小孩子爬高危险和热汤烫这两个日常生活中非常简单的道理。

明清学者十分注重童谣在儿童教育中的作用。明代学者吕得胜在《小儿语》序中说，儿童从学语开始，便以唱诵歌谣为乐，成为儿童学习的一种重要途径。并且，一个儿童唱诵，可以迅速传给其他孩子，童谣的作用绝不可低估。因此，吕得胜建议可以仿照民间童谣，编纂一些宣扬理义身心之学的童谣，使儿童在唱诵过程中自然而然地接受传统价值观念的教育。

清代学者伍兆鳌在《下里歌谣》中，尤其强调童谣对女孩子的教育作用，认为学习童谣不仅可以当做学习的基础，同时，也可以代替一部分的学堂教育，传授知识和道理给出身贫苦、不一定有进入学堂的机会的女孩子。女孩子五六岁就可以开始学习童谣，可以根据女孩子的资质情况，选择童谣进行传授。